Ein typischer Messablauf mit der Rasterdurchflusszelle lässt sich wie folgt beschreiben: Zu Beginn wird das Substrat, also beispielsweise ein neues Elektrodenmaterial, mit Hilfe des XYZ-Tisches unter der Zelle positioniert. Die ganze Zeit, also auch ohne Kontakt zu der Oberfläche, strömt ein wässriges Medium durch die Zelle, wobei sich an der kleinen Öffnung ein stabiler Meniskus beobachten lässt. Dieses Medium lässt sich nach Belieben vor der Zelle mit Gasen sättigen. Dann wird der Probentisch langsam nach oben verfahren, so dass die Messzelle auf die Oberfläche augesetzt wird. Der Kraft wird kontinuierlich über den Kraftsensor ausgelesen und über eine Kontrollroutine des Z-Motors geregelt. Ist die Zelle aufgesetzt, können voll automatisiert elektrochemische Messungen gestartet werden, beispielsweise die CO2-Reduktion mit verschiedenen Parametern. Dabei werden nicht nur die Reaktionsprodukte in dem Flusssystem abtransportiert, sondern auch abgelöstes Elektrodenmaterial im Falle der Degradation. Ist das Messprotokoll abgearbeitet, wird das Substrat voll automatisiert nach unten gefahren (die Messzelle hebt somit von der Oberfläche ab) und an eine neue, zuvor mittels einer Matrix einprogrammierten Position bewegt. Dort wiederholt sich der beschriebene Ablauf.
Durch die nachgeschaltete Analytik lassen sich bei jeder Messung präzise Aussagen über die Reaktionen auf der Elektrode treffen. Allerdings sind sowohl gasförmige, als auch ionische Spezies zu erwarten, weshalb auf zwei unabhängige analytische Methoden zurück gegriffen werden muss. Diese umfassen einerseits die ICP-MS zur hoch empfindlichen Elementanalytik von Metallen, um die Degradation des Elektrodenmaterials zeitaufgelöst zu verfolgen (siehe Abbildung 3). Zusätzlich dazu wird ein separates MS mit einem Membraneinlasssystem zur Bestimmung von flüchtigen Verbindungen verwendet, also den eigentlichen Reaktionsprodukten. Durch den modularen Aufbau lassen sich beide Methoden beliebig austauschen, und idealer Weise in der Zukunft auch parallel betreiben.